Jest to jednonawowa budowla, która była wielokrotnie przebudowywana. Kościół posiada drewniany strop i czworoboczną drewnianą wieżą z 1819 roku. Jest ona zwieńczona izbicą oraz spiczastym hełmem. Reszta świątyni wykonana jest z cegły. Na ścianie południowej wieży został wyryty wzorzec pręta chełmińskiego z literą K, zaś obok świątyni znajduje się ossuarium.
Wewnątrz kościoła zachowało się oryginalne wyposażenie z XV i XVIII wieku, którego nie zobaczyliśmy, gdyż kościół był zamknięty. W jego skład wchodzą gotycka rzeźba Madonny z Dzieciątkiem, ołtarz główny na którym przedstawiona została scena koronacji św. Mikołaja tiara oraz wizerunek św. Marii Magdaleny, a także ambona podtrzymywana przez anioła, chrzcielnica i organy. W kościelnej wieży znajduje się dzwon z 1674r.
Zobacz na pełnej mapie Kościół w Lisewie Malborskim